Urząd Morski w Słupsku rozpoczął swoją działalność z dniem 1 lipca 1954 roku na podstawie zarządzenia Ministra Żeglugi z dnia 22 maja 1954 roku przejmując ze Szczecińskiego Urzędu Morskiego wszystkie sprawy należące do jego właściwości terytorialnej dla województwa koszalińskiego oraz zadania Morskiego Urzędu Rybackiego. W pierwszym okresie Urząd funkcjonował pod nazwą Koszaliński Urząd Morski z siedzibą w Słupsku. Terytorialny zasięg kompetencji obejmował odcinek wybrzeża morskiego o długości 148 km w granicach ówczesnego województwa koszalińskiego wraz z przyległymi akwenami morza terytorialnego i wód wewnętrznych. Na odcinku tym funkcjonowały porty w Kołobrzegu, Darłowie i Ustce, dwa mniejsze porty rybackie w Rowach i Dźwirzynie oraz szereg plażowych przystani rybackich.

Działalność w zakresie ochrony wybrzeża była realizowana w oparciu o 3 obwody ochrony wybrzeża, których siedziby ustalono w: Ustroniu Morskim, Darłowie i Ustce.

Głównymi zadaniami Urzędu w pierwszym okresie istnienia było umocnienie placówek administracyjnych w terenie, przywrócenie i utrzymanie żeglowności w portach, odbudowa i budowa obiektów hydrotechnicznych w portach, utworzenie i urządzenie pasa technicznego, a następnie jego zabezpieczenie w najbardziej newralgicznych, narażonych na działanie żywiołu morskiego punktach.

W tamtych latach ważnym obszarem działalności Urzędu było aktywizowanie rybołówstwa przybrzeżnego poprzez budowę i urządzenia brzegowych przystani rybackich i portów rybackich w Rowach i Dźwirzynie, a także budowa zagród dla rybaków.

W wyniku reformy podziału administracyjnego kraju, przeprowadzonej w 1975 roku, zasięg terytorialny Urzędu objął odcinek wybrzeża w granicach województw: koszalińskiego i słupskiego. Tym samym powiększył się on do 170 km i objął kolejny port w Łebie. Powiększenie administrowanego odcinka wybrzeża spowodowało konieczność powołania kolejnego obwodu ochrony wybrzeża z siedzibą w Łebie. Wyrazem tych zmian była również zmiana nazwy Urzędu, który od tej daty funkcjonuje jako "Urząd Morski w Słupsku". W takim obszarze działania Urząd realizuje kompetencje terenowego organu administracji morskiej do chwili obecnej, przy czym zakres rzeczowy kompetencji ulega zmianom stosownie do tego jak kompetencje organów administracji morskiej są kształtowane przez obowiązujące prawo. Pojawiają się nowe zadania związane z nadzorem nad ochroną środowiska morskiego. Urząd Morski w Słupsku staje się wiodącym urzędem morskim, koordynującym nadzór administracji morskiej nad wykonywaniem rybołówstwa bałtyckiego przez polskie statki rybackie.

W 1991 roku nowa ustawa o obszarach morskich i administracji morskiej powołuje do działania inspekcję morską. Z racji centralnego usytuowania na polskim wybrzeżu, w strukturach Urzędu zostaje utworzone Centrum Dyspozycyjno - Kontrolne Administracji Morskiej w Ustce, którego zadaniem jest koordynowanie działań kontrolnych w polskich obszarach morskich.
W dniu 1 lipca 1999 roku Urząd przejął wykonywanie spraw w zakresie oznakowania nawigacyjnego na Środkowym Wybrzeżu i tym samym realizuje w pełnym zakresie kompetencje terenowego organu administracji morskiej.