Ochrona środowiska morskiego, w tym wód Bałtyku, obejmuje m.in. przeciwdziałanie zanieczyszczeniom wytwarzanym: ze statków, ze źródeł lądowych, z prac pogłębiarskich, z eksploatacji dna, z układania kabli i rurociągów. Odrębną dziedziną ochrony środowiska morskiego jest zapobieganie i zwalczanie zanieczyszczeń olejowych na morzu.
Pod względem terytorialnym, ochrona środowiska morskiego obejmuje morskie wody wewnętrzne (do których należą wody w portach), morze terytorialne (pas 12 mil morskich od brzegu) oraz wyłączną strefę ekonomiczną (pozostałe wody do granicy rozdzielającej państwa sąsiednie) wraz z dnem morskim i zasobami naturalnymi znajdującymi się pod nim.
W administrowaniu przez Urząd Morski w Słupsku znajduje się ok. 1/3 powierzchni akwenów polskich obszarów morskich. Granice pomiędzy wodami będącymi w jurysdykcji UM Słupsk i sąsiednich urzędów morskich przebiegają wzdłuż południków i znajdują się na pozycjach: 15023'24''E (z UM Szczecin) i 17040'30''E (z UM Gdynia).

1. Odbiór w portach nieczystości ze statków.

Odbiór nieczystości statkowych obejmuje: wody zaolejone, ścieki socjalne, odpady bytowo-gospodarcze, pozostałości ładunkowe, wody balastowe. Zachętą do zdawania nieczystości jest wprowadzenie organizacji ich odbioru, na zasadzie "bez pobierania szczególnej opłaty". Taki system, obejmujący odbiór wód zaolejonych, funkcjonuje do tej pory w czterech portach: Darłowo, Kołobrzeg, Łeba i Ustka. Za zdawanie pozostałych nieczystości zapłatę pobiera prowadzący usługę odbioru. Zgodnie ze znowelizowaną ustawą o portach, od 06 listopada 2001 r. koszt odbioru i unieszkodliwiania odpadów i pozostałości ładunkowych ze statków pokrywany ma być w ramach opłaty tonażowej.

2. Uzgadnianie pozwoleń wodnoprawnych na wprowadzanie do morza ścieków ze źródeł lądowych.

Zanieczyszczenia wprowadzane są do morza m.in. poprzez kanalizację ścieków oczyszczonych, których wylot znajduje się bezpośrednio w morzu. Przykładem takich oczyszczalni są m.in.: Oczyszczalnia Ścieków Grzybowo k. Kołobrzegu oraz Zakład Płyt Wiórowych "Alpex Karlino"- z wylotem przy Ustroniu Morskim. Inne źródła zanieczyszczeń to np. Stacja Utylizacji Wód Zaolejonych w Ustce - wylot z separatora oleju do kanału portowego w Ustce.

3. Wydawanie zezwoleń na odkładanie do morza urobku z prac pogłębiarskich.

Odkładanie do morza urobku z pogłębiania dna portów i red podlega procedurze zezwoleń. Wydanie zezwolenia uwarunkowane jest m.in. stanem czystości materiału dennego i osadów, pod względem zawartości substancji szkodliwych dla środowiska morskiego. Wykaz substancji oraz dopuszczalna ich zawartość przy której można urobek odłożyć do morza znajduje się w załączniku do konwencji helsińskiej o ochronie środowiska morza Bałtyckiego. Ilość urobku przeznaczonego do zatopienia określa się na podstawie badań batymetrycznych wykonywanych podczas sondaży dna. Tylko część urobku trafia do morza, zaś część odkładana jest również na brzeg.

4. Określanie warunków na eksploatację dna morskiego.

Na obszarach morskich znajdujących się w granicach administracyjnych Urzędu Morskiego w Słupsku eksploatowane jest m.in. kruszywo z Ławicy Słupskiej. Przestrzeganie warunków ochrony środowiska polega na m.in. ustaleniu obszaru eksploatacji (kwatery), określeniu ilości kruszywa jaką można wydobyć oraz innych warunków wykonywania prac. Poza kruszywami, dno jest eksploatowane z podmorskich złóż ropy naftowej i gazu ziemnego. Platformy wiertnicze (PetroBaltic i Baltic Beta) znajdują się na wysokości Władysławowa w odległości ok. 60 km od brzegu. Otwór wiertniczy B-21, w którym odkryto złoże gazu ziemnego, znajduje się w granicach obszaru administrowanego przez UM Słupsk. Kontrola czystości wód morskich wokół wież prowadzona jest m.in. poprzez obserwacje powierzchni morza z samolotu.

5.Uzgadnianie tras przebiegu kabli i rurociągów.

Na dnie morza układane są m.in. kable i rurociągi. W ostatnim okresie położono np. kabel światłowodowy z Bornholmu do Kołobrzegu oraz kabel energetyczny Szwecja Polska, wychodzący na ląd w rejonie Ustki - i biegnący dalej pod ziemią do stacji przemiennikowej w Wierzbięcinie k. Bierkowa, stąd linią napowietrzną do sieci energetycznej. Trasę przebiegu kabli na pełnym morzu (WSE) uzgodniono z Ministrem Transportu i Gospodarki Morskiej, zaś na morzu terytorialnym oraz w pasie nadmorskim z Dyrektorem Urzędu Morskiego w Słupsku. Na obszarze morza terytorialnego oraz pasa nadmorskiego uzgodnienie takie dokonywane jest w drodze decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowaniu terenu.