Różnice poziomu morza mogą być wywołane silnym wiatrem, zmianami ciśnienia atmosferycznego oraz sezonowymi zmianami ilości wody
spływającej rzekami do morza. Czynniki te mogą podnosić lub obniżać poziom wody o około 1 m. od MSL (Mean Sea Level - średni
poziom wody). Silne prądy mogą wystąpić zgodnie z kierunkiem wiejących silnych wiatrów. Wiatry te mogą wzmacniać, osłabiać lub
odwracać stały prąd powierzchniowy.
Jednoczesne oddziaływanie niekorzystnych zjawisk hydrometeorologicznych i/lub niemożliwych do przewidzenia przemieszczeń przeszkód
nawigacyjnych na dnie morza, a także przesuwania się piasku dennego może spowodować znaczące obniżenie poziomu morza. W Cieśninach
Duńskich poziom wody może być 2 metry mniejszy niż wartości pokazane na mapach. Maksymalne zarejestrowane wahania poziomu wody to
4,7 m. w Zatoce Fińskiej oraz 3,3 m. w Zatoce Botnickiej.
Zlodzenie
Zlodzenie może być poważnym zagrożeniem w bezpiecznej nawigacji w okresie od listopada do maja, głównie we wschodniej części
Bałtyku. Warunki lodowe zmieniają się z roku na rok (patrz:
Informacje z zlodzeniu).
Wypiętrzanie lądu
Wypiętrzanie lądu jest zjawiskiem powszechnym w wielu miejscach na Bałtyku. Największy wpływ
tego zjawiska na głębokość akwenów zaobserwowano w północnej części Bałtyku. Na przykład w Zatoce Botnickiej dno wypiętrza się
o około 0,9 cm. na rok. Na większości map Morza Bałtyckiego zero mapy ustalone jest jako średni poziom wody (MSL - Mean Sea
Level). Nawigując na akwenach, na których występuje zjawisko wypiętrzania lądów, głębokości przedstawione na mapach muszą zostać
pomniejszone o wartość będącą wynikiem mnożenia: wielkości rocznego wypiętrzenia i liczby lat od wydania mapy. Wartość ta może
być większa niż 0,9 metra.