Dyrektor Urzędu
1) Wydział Organizacyjno-Prawny;
2) Wydział Finansowo – Księgowy;
3) Wydział Spraw Pracowniczych;
4) Wydział Gospodarki Nieruchomościami i Administracji;
5) Wydział Techniczno-Inwestycyjny;
6) Wydział Gospodarczy, Zaopatrzenia i Transportu;
7) Wydział do spraw Zamówień Publicznych;
8) Wydział Technologii Informatycznych;
9) Inspektorat Nadzoru Technicznego i Zagospodarowania Przestrzennego;
10) Inspektorat Ochrony Wybrzeża z podległymi Obwodami i Obchodami Ochrony Wybrzeża;
11) Inspektorat Ochrony Środowiska Morskiego;
12) Inspektorat Państwa Bandery i Państwa Portu;
13) Inspektorat Dokumentów Marynarzy;
14) Wydział Oznakowania Nawigacyjnego i Systemów Bezpieczeństwa Morskiego;
15) Inspektorat Administracji Portów, Hydrografii z podległymi kapitanatami i bosmanatami portów;
16) Inspektorat Monitorowania Bezpieczeństwa Ruchu Morskiego;
17) Biuro Spraw Obronnych Żeglugi;
18) Biuro do spraw Energetyki Morskiej;
19) Służba Bezpieczeństwa i Higieny Pracy;
20) Stanowisko do spraw Ochrony Przeciwpożarowej;
21) Zespół do spraw Audytu Wewnętrznego;
22) Administrator Bezpieczeństwa Danych;
23) Pełnomocnik do spraw Ochrony Informacji Niejawnych;
24) Pełnomocnik do spraw Zarządzania Systemem Jakości;
25) Stanowisko do spraw Komunikacji Społecznej, Promocji i Edukacji Morskiej;
26) Stanowisko do spraw kontroli zarządczej.
Stanowiska zastępców Dyrektora do spraw:
1) inspekcji morskiej;
2) technicznych